Příběh Tomb Raider 2 se točí kolem dýky z Xianu, zbraně, o níž se tradovalo, že ten, kdo si dýku zabodne do svého srdce, promění se v draka a získá tak dračí sílu i moc.
Kdysi dávno se rozhodl jeden čínský císař, že dýku začne používat k vedení své armády v bojích. Poslední boj však pro císaře skončil špatně, jelikož mu jeden neznámý tibetský mnich dýku ze srdce vyrval a uložil ji v chrámu v oblasti Velké čínské zdi zpět k odpočinku, kde nakonec zůstala uzamčená po staletí.
Nyní se ocitáme v roce 1997, ve kterém se Lara dozví o existenci této dýky, bohužel ale prostřednictvím tragické události. Jednoho dne totiž obdržuje dopis, ve kterém se píše o vyvraždění skupiny archeologů, kteří prováděli výkopy u Velké čínské zdi. Lara s ničím neotálí a vydává se na cestu, aby zjistila, co se tam přesně stalo. U Zdi skutečně narazí na jednoho z vrahů, který Laře nakonec prozradí, že se v Itálii nachází mafiánská skupina Fiama Nera, které je sám členem a kterou vede boss jménem Marco Bartoli. Ten založil i náboženský kult, jenž prahne po magické dýce. Dýce z Xianu. Té dýce, která má poskytovat dračí moc.
Lara se tedy ihned vydává do Benátek, do oblasti, kde mafiánské skupině patří část města. Projde celou Bartoliho rezidenci, i operní divadlo, a následně se ji podaří dohonit jeho letadlo, které míří na ropnou plošinu, nacházející se kdesi v Jaderském moři. V letadle však vyčerpaností usíná a probouzí se až po přistání na základně, odkud se Bartoliho výprava vydává prozkoumávat nedaleký vrak lodi Maria Doria. Lara po probuzení zjistí, že ji Bartoliho muži odzbrojili. Vydává se tedy prozkoumat základnu a především také nalézt zpět všechny své zbraně. Zanedlouho však narazí na zajatého a zraněného tibetského mnicha, bratra Chana, který Laře těsně před smrtí prozradí velmi důležité informace. Poví ji o tom, že je dýka stále ukrytá v chrámu Xianu, ale aby se tam dostala, potřebuje klíč zvaný Talion. Ten je uschován na bezpečném místě v klášteře Barkhang v Tibetu. K tomu, aby se ale dostala do té části Barkhangského kláštera, kde je Talion ukryt, potřebuje další klíč – Seraph. Od tohoto tibetského mnicha se také dozvídá, že Seraph by se měl nacházet někde ve vraku potopené lodi Maria Doria – přesně té lodi, na které probíhá expedice Marca Bartoliho. Ona loď totiž patřila otci Marca Bartoliho, Giannimu Bartolimu, který se s ní kdysi plavil směrem k Tibetu, aby zde otevřel pomocí Seraphu část kláštera, kde je ukryt onen klíč od chrámu, kde odpočívá dýka z Xianu. Otec bratra Chana však tehdy tuto loď zničil a potopil, a to za účelem toho, aby se dýka nedostala do rukou Bartoliho.
Lara se tedy potápí k vraku lodi, který prozkoumává a skutečně zde nalézá i ztracený Seraph. Poté letadlem odletí do Tibetu, kde v klášteře Barkhang pomocí mnichů nalezne pět modlitebních kol, které ji nakonec otevřou průchod do katakomb, kde nalézá Talion – klíč od Xianského chrámu. Následně se přesouvá zpět do Číny k Velké čínské zdi a odemyká získaným klíčem Xianský chrám. Bohužel má v patách Bartoliho muže, kteří jsou nakonec rychlejší než ona a zmocní se dýky. Lara je svědkem okultního rituálu, v rámci kterého si Marco Bartoli vbodne dýku do srdce. Po provedení rituálu Lara okultisty pronásleduje. Prochází přes oblast, nacházející se někde mezi nebem a zemí, až nakonec dojde do místa, kde se Marco promění v draka. Lara samozřejmě nechce dýku Marcovi přenechat, a tak s drakem bojuje. Nakonec se ji podaří draka přemoct a dýku mu vytrhává ze srdce. Následně se začne celá místnost bortit a Lara utíká pryč, zpátky do tepla svého domova, s dýkou ve svém batůžku.
Poslední scéna vyobrazuje Laru doma, jak si prohlíží mocnou dýku, když v tom se spustí alarm. Bratr Marca Bartoliho vyhledal Lařiné sídlo a rozhodl se, že ji dýku ukradne. Lara je však připravená svůj domov bránit, popadne arzenál ukrytý v tajné místnosti v jejím pokoji a vyráží se vypořádat i se zbytkem Bartoliho mafie. Příběh končí Lařinou touhou se osprchovat, kdy se tedy chystá vysléct, avšak obrátí se na kameru se slovy „Neviděl jsi už dost?“. Poté popadne svou brokovnici a vystřelí směrem na kameru.